如今这个算法在天文学的各个分支都有广泛应用。
星系团
星系团既是大尺度结构的结点枢纽，也是星系形成和演化的重要场所。如何搜寻星系团，证认星系团内部的团成员一直是星系团研究的重要内容。
超星系团
超星系团由多个星系团或星系群组成的大质量天体，是宇宙中已知的最大尺度的结构之一。
图2 左图为花树算法在超星系团A2029附近天区探测到的星系团/群的空间分布.
疏散星团
疏散星团诞生于分子云中，形态很不规则，在外围成员认定中存在一定困难。
传统的成员识别方法通常假定星团成员有相同的运动学信息和相同的演化趋势。
层次聚类方法不需要事先假设，这对于探索星团的边界有很大优势。
图3 左图为英仙双星团的树状图.右图为算法给出的两个子团成员的空间分布.
分子云
与离散分布的星系、恒星不同，分子云在空间中连续分布。层次聚类算法在分子云中的应用更为多样。